Het tweede eigen pand
De laatste acht jaar van Apollo’s geschiedenis spelen zich af aan de van Oldenbarneveltstraat op huisnummer 116. Problemen met intolerantie ten opzichte van homoseksualiteit zorgde ervoor dat Apollo de Josephstraat moest verlaten. De problemen bij de Josephstraat bereikte in het najaar (augustus) van 1999 een climax toen groepjes jongeren bezoekers lastig vielen en er regelmatig stenen door de ramen van het Apollopand werden gegooid. Een brief van het bestuur naar de leden en donateurs toe lekte uit naar de media waardoor de media zich massaal op deze problemen storten. Apollo was te horen in het TV-programma van Buitenhof, te zien op het RTL-nieuws en kwam in diversen kranten en tijdschriften naar voren en was aanleiding voor vragen van raadsleden aan het college van burgemeester en wethouders. Het Apollo bestuur besloot in 1999 om een nieuw onderkomen te zoeken voor Apollo. Apollo had eind 2000 de keuze om samen met de Rotterdamse Jongeren Raad en pand te betrekken aan de Schiedamse Vest of een eigen pand betrekken aan de Van Oldenbarneveltstraat. Om praktische redenen werd het laatste besloten.
Doelstellingen gewogen
Op 31 augustus 2000 trok Apollo in haar nieuwe pand aan de Van Oldenbarneveltstraat. Het pand was een voormalig kunstenaarverblijf . Voor het eerst zat Apollo nu tussen de andere homohoreca, als nieuwe bewoner van de homostraat van Rotterdam. Zo’n locatie tussen de homohoreca bracht ook spanningen mee ten aanzien van de doelstellingen van Apollo. In 2001 werd er zelfs frequent door de Commissie van Advies er op gewezen dat het Apollo’s bestuur haar doelstellingen niet uit het oog moest verliezen. De eerste jaren aan de Van Oldenbarneveltstraat worden door veel oud bezoekers dan ook gekenmerkt door de vele feesten waarbij zelfs de achtertuin van Apollo tot strand werd omgeturnd. De leeftijdsgrens vervaagde en de regels versoepelde zowel binnen Apollo als binnen het bestuur. Begin 2002 ontwaakte Apollo op harde wijze uit deze roes. Een bestuurslid, zonder Apollo hart, had kans gezien Apollo financieel op het randje van de afgrond te brengen. Apollo moest haar broekriem aantrekken en regels strakker stellen. Ook qua doelstellingen van Apollo werd een beleidsdraai gemaakt. De leeftijdsgrens werd strak gehanteerd en de activiteiten werden afgestemd op de doelen. Enerzijds heeft dit veel bezoekers gekost waardoor Apollo soms behoorlijk stil was. Anderzijds bereikte Apollo hierdoor wel weer haar doelgroep. Vanaf 2004 werd er een evenwicht gevonden tussen de doelstellingen en het zorgen van een toegankelijke en gezellige sfeer binnen Apollo. De Mister Gay verkiezing op 4 september 2004 luidde dan ook de periode in waarbij Apollo naast de vrijdag met leeftijdsgrens iedere zaterdagavond geopend is voor alle leeftijden.
Aanval van rechts op subsidie
Het politieke veld veranderde in 2002. De leefbaren kregen zowel landelijk als lokaal de macht. Ook in Rotterdam kwam Leefbaar Rotterdam aan de macht. De nieuwe kernwoorden in de politiek waren efficiency en effectiviteit. Een belangrijke methode om dit te bewerkstelligen was schaalvoordelen halen. Er was in Rotterdam geen plaats meer voor een diversiteit aan zelfstandige clubjes. Apollo het met het oog op deze ontwikkelingen haar beleid zo efficiënt en effectief mogelijk ingericht. Desalniettemin waren de voortekenen voor het jaar 2005 niet gunstig. Begin 2005 werd er tot tweemaal toe ingebroken in het Apollo pand. Na van de schik bekomen te zijn kreeg het Apollo-bestuur in april 2005 een brief van het gemeentebestuur. De kogel was door de kerk. Apollo zou, ondanks het feit dat ze efficiënt bevonden was door de gemeente, geen subsidie meer krijgen. Er was nog maar ruimte voor twee roze organisatie in Rotterdam, zijnde het COC en Rotterdam Verkeert. Via de gemeenteraad wist Apollo bij de wethoudster, mevrouw van den Anker, af te dwingen dat Apollo als zelfstandige organisatie mocht blijven bestaan. Voorwaarde was dan wel dat Apollo haar subsidie via het COC zou krijgen en in het pand van het COC zou trekken. Apollo kreeg hiervoor een overgangsjaar (2006) om dit met het COC te regelen. Apollo ging in overleg met het COC maar kwam niet tot overeenstemming. Het COC wou geen zelfstandig Apollo in haar pand hebben. Apollo zou en moest een onderdeel worden van het COC.
Apollo kreeg de politieke wind mee. Landelijk hadden de leefbare gefaald. Het falen van de landelijke leefbaren had ook voor de locale politiek gevolgen. Leefbaar Rotterdam verloor de verkiezingen en een frisse wind waaide op het stadhuis. De raadsleden die Apollo gesteund hadden hadden nu de politieke macht gekregen. Op 13 juni 2006 werd in een gesprek met de nieuwe wethouder emancipatie Orhan Kaya de subsidie van Apollo weer veilig gesteld.
Weer een verhuizing
Apollo’s subsidie was terug. De rust was wedergekeerd. Toen kwam daar in juni 2007 door een volgende brief een einde aan. Apollo’s onderkomen waar Apollo 8 jaar heeft vertoefd moet worden gerenoveerd. Na renovatie is er geen ruimte meer is voor Apollo. Apollo moet voor de zoveelste keer in haar leven opzoek naar een nieuwe ruimte..